創業100周年を１つの通過点とするべく経営陣の若返りを図りました。昭和61（1986）年には、58年間鍋林を牽引してきた第3代目・島幸太郎から第４代・島孝一（社長としては2代目）に。3年単位の中期経営計画を、2期6年分を総合する「長期経営計画」としました。
昭和63（1988）年から平成5（1993）年までの「第１次長期経営計画」は「魅力ある企業を目指すECHO PLAN PART1」。保管配送施設の充実や積極的な海外視察研修、女性社員の職域拡大、育児休業制度の開始、外国人社員の採用などを行いました。昭和63年度の売上高は535億円と年商500億円企業に成長を遂げました。

平成3（1991）年、これまでの当社の歩みをまとめた冊子「ふれあい運んで100周年（新世紀への飛翔）」を刊行しました。同年には、社員の日頃の創作活動を発表する場「鍋林創作展」を創設し、以後毎年開催されています。また、100周年の記念祝賀パーティーの計画を取りやめ、その費用を「社団法人　青少年育成国際会議」に充てた「鍋林基金」を創設しました。
平成4（1992）年には「なべりんアルプホルンハーモニー」を結成し、平成5（1993）年の信州博覧会や平成10（1998）年の長野冬季オリンピックで演奏しました。また同オリンピック、パラリンピックでは専用車運転ボランティアに参加、「2005年スペシャルオリンピックス冬季世界大会・長野」にもボランティア参加しました。
平成9（1997）年末に名誉相談役だった島幸太郎が逝去。翌10（1998）年に、東京芝増上寺にて社葬が行われました。同年、会社のWEBサイト立ち上げ、インターネットによるオンライン業務サービスもスタートしました。

平成12（2000）年、島孝一から島宗弘へ社長交代。
品質（サービス）の向上を目指し、「ISO9002」を取得しました。全社６事業部、26の広域拠点・配送センターで一括に認証取得した国内初の商社として注目されました。平成13（2001）年には環境ISOといわれる「ISO14001」を取得。廃棄物の分別収集をはじめ休憩時間の照明消灯、ノーカーデー実施、緑化による環境貢献なども行っています。
平成21（2009）年、藏井和義が社長に就任。海外事業へのより一層の注力とともに、コンプライアンスの強化など、社内体制の改革が進みました。

平成26（2014）年、島宏幸社長へと経営が引き継がれ現在へと続きます。経済のグローバル化、デジタル化時代にあって、これまで培われてきた当社の顧客第一主義の姿勢の深化が図られています。
お得意先に満足していただけるサービス・仕組み・商品の提案のための顧客支援システムも充実してきました。自社システム「打ち出の倉庫」は、当社独自の自動補充発注＆遠隔預託在庫システムで、ＩＴ＆ネットワーク技術でお得意先の在庫管理を当社が肩代わりするソリューションです。
また、医療機関や調剤薬局向けの薬品在庫管理・発注システム「ODSS（オンデマンドサプライシステム）」は、ASP（Application Service Provider）サービスによるレセコン連動型のシステムで、お得意先の日常的な仕事をサポートし、お得意先の立場に立った情報提供をしています。

新長期経営計画「エコービジョン2023」は鍋林株式会社がどの様にあるべきか。
予測される環境変化を踏まえて、それに適応していくために何をすべきかを示した指針であるとともに、
盤石な経営体質を維持成長させるための各部門の戦略決定における基軸であり、全構成員の拠り所となるものです。